互换土地后被征收，补偿款的归属需要根据具体情况来确定，以下为你详细分析：
合法互换且完成相关手续
- 根据《农村土地承包法》规定，土地承包经营权互换的，当事人可以向登记机构申请登记。未经登记，不得对抗善意第三人。
- 如果土地互换是在双方自愿、平等的基础上进行，遵循了法定的程序，签订了书面合同，并且办理了相关的土地承包经营权变更登记手续。那么从法律意义上讲，互换后土地的承包经营权已经发生了转移。此时土地被征收，补偿款应当归互换后取得土地承包经营权的一方所有。
- 例如，甲和乙互换土地并完成了登记，之后乙所换得的甲的土地被征收，那么征收补偿款应归乙。
合法互换但未完成登记手续
- 虽然没有办理登记手续，但互换行为本身是合法有效的，只是不能对抗善意第三人。在这种情况下，土地征收补偿款原则上也应归实际取得土地经营权的一方。
- 比如，甲和乙口头约定互换土地并实际履行多年，但未办理登记。后来甲换给乙的土地被征收，通常补偿款会给到乙。不过，如果存在其他善意第三人对该土地权益提出合理主张，情况可能会变得复杂。
互换存在瑕疵
互换程序不合法 ：如果土地互换没有经过发包方同意（对于采取互换方式流转土地承包经营权的，当事人双方应当签订书面合同，并报发包方备案），或者违反了其他法律法规的强制性规定，那么互换行为可能被认定为无效。此时，土地征收补偿款一般还是归原土地承包经营权人。
意思表示不真实 ：若一方是以欺诈、胁迫等手段，使对方在违背真实意思的情况下进行土地互换，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构撤销该互换行为。在互换行为被撤销后，土地征收补偿款归原土地承包经营权人。
特殊情况
地上附着物和青苗补偿 ：无论土地承包经营权是否互换，地上附着物及青苗补偿费一般是归实际投入人或实际所有人所有。例如，虽然土地互换了，但地上的果树是原承包经营权人种植的，那么果树的补偿款通常会给到原承包经营权人。
