公司之间要是有了纠纷，通常都是由法院来受理的，一般不会直接就把纠纷给起诉到检察院去。
因为检察院主要的工作是对那些犯罪行为进行公诉之类的。
不过，在一些特别的情况下，就像那些涉嫌刑事犯罪的公司纠纷，经过了侦查等一系列的程序之后，如果符合一定的条件，检察院就有可能会提起公诉，然后把这个案件给移送送到法院去审判。
而检察院对于一些情节比较轻微的，又符合法定不起诉条件的案件，它是可以决定不起诉的，这样的话，这个案件就不会进入到法院的诉讼程序。
总的来说，公司之间一般的普通纠纷基本上都是由法院来处理的，只有当涉及到刑事犯罪等特殊情况的时候，检察院才会介入进来，并且它到底会不会把案件起诉到法院，那得根据具体的案件情况来判断。
我不了解你所说的具体的纠纷情况，所以没办法给你更准确的答复。
