证据不足的案子法院应该怎么样处理

1.公安机关可以调解结案。对原来认为“证据不足”的轻伤害案件经公安机关立案侦查终结后，应出具侦查终结报告书，送达双方当事人，并可对双方当事人进行说服教育，在双方当事人自愿的前提下，由双方当事人各自向公安机关写出调解申请书，在此基础上，公安机关可以组织调解结案。这样便于稳定双方情绪，及时化解矛盾。
2.由被害人提起自诉。对基本事实清楚、基本证据确实充分、且公安机关一时又不能说服双方当事人自愿调解的一般轻伤害案件，公安机关应当告知受害人向人民提起刑事附带民事诉讼。对公安机关侦查后认为伤害证据仍然不足，或难以查清，或公安机关不认为是犯罪的轻伤害案件，公安机关应当告知被害人向人民提起民事诉讼，要求对方承担民事责任。
3.对特殊案件实行“有限公诉”。即对符合上述一般公诉条件，案情复杂、社会影响或危害较大、公安机关已对被告人采取了强制措施、可以判处刑罚的轻伤害案件，公安机关应该将案件尽快移送依法提起公诉。