1、国税函是国家税务总局对本系统下属单位工作请示的批复函，属于税收规范性文件，依据相关行政
法规和国税发[2004]132号规定，在税收法律、行政法规、部门规章之后。而《
土地增值税暂行条例》是由国务院颁布，属于行政法规，
法律效力高于税收规范性文件。
2、根据《土地增值税暂行条例》第二条明确规定了土地增值税的纳税义务人为转让房地产的单位和个人，征税范围为转让房地产的行为。以
股权转让方式转让房地产的行为，房地产的
产权人在股权转让前后，并未发生变化，因此并未发生房地产的转让行为，且纳税义务人并非转让房地产的单位和个人，而是转让
股权的单位和个人。
国税函[2000]687号将该行为纳入土地增值税的征收范围，扩大了《土地增值税暂行条例》中关于土地增值税纳税义务人和征税范围的规定，明显超越上位法的规定，因而其法律效力和合法性存在疑问。
