2、调解程序的主持。鉴于行政诉讼的特殊性和复杂性，行政诉讼的调解应有别于民事诉讼，不能适用简易程序由独任法官主持，而应与行政审判的组织一致，实行合议制，且由审理该案的同一合议庭主持，以保证合议庭成员熟悉具体案情，发挥集体智慧，对案件作出准确判断。同时，也能起到互相监督的作用，规范法官在调解中的行为，进而保证调解的合法与公正。
3、调解的阶段。具体行政行为是否合法决定着行政诉讼案件能否适用调解，因此，行政诉讼的调解只能在法院对具体行政行为是否合法作出明确判断的庭审中或庭审后判决前的阶段中，而不能适用于判决前的各个阶段，这点应与民事诉讼相区别。如果在诉讼伊始，原告与行政机关之间的矛盾异常激烈时，对其纠纷进行调解，不仅会使许多本能调解成功的案件被排除在外，而且不符合行政诉讼合法性审查的原则。因此，行政诉讼的调解只能在庭审中或庭审后判决前的两个阶段中进行。
4、调解的次数与时限。为防止案件久调不决，以拖压调，应对调解的次数作出限制。为了与调解的阶段相协调，调解的次数不应超过两次。两次调解可在庭审中或庭审后判决前各进行一次，也可以在其中的某一阶段进行，但不能超过两次的规定。调解的时限应在行政诉讼的审限范围内。调解不成立的案件，应当及时由法官或法官与人民陪审员组成合议庭做出判决。
5、调解协议审查的内客和标准。由于诉讼上的调解是行政主体在特定范围、特定条件对其权限处分的结果。故法官必须对调解协议进行审查，审查的内容包括:达成调解协议的当事人是否具有诉讼行为能力，调解协议是否属于当事人的真实意思表示，调解的事项是否属于当事人(尤其是行政主体)能够自由处分的事项，调解协议的内容是否违反法律或者社会利益。法官审查后认为调解协议无误的，应制作调解书。由于经过了调解过程，原告已不再对被诉具体行政行为持有异议，因此对调解协议的合法性审查标准可以放宽到行政非诉执行案件的审查标准。
6、调解书的效力。鉴于民事诉讼中赋予当事人调解的反悔权在民事审判实践中常常被滥用而暴露出的各种弊端，为节约有限的司法资源，避免当事人在调解时的随意性，以增强其责任感，在行政诉讼案件的调解中，如果当事人达成了调解协议，法院审查认可后应当制作调解书，调解书经各方签收即具有法律约束力，任何一方不得反悔。
7、确定调解结案为法定的结案方式。行政诉讼确立调解制度，应将调解结案作为法定的结案方式作出规定，赋予调解书与判决书同等的法律效力，一方不履行的，对方可申请人民法院强制执行。
