由于公司人员结构的调整，对于一些员工经过我们一致协商之后已经和他们就离职补偿达成了一致，现在他们又要申请仲裁，这在法律上被允许吗？

如果已经就离职补偿达成一致，且明确表示放弃其他权利，双方再无其他争议的，虽然可以申请仲裁，但仲裁会面临败诉的结果。即程序上的权利还是有的，但是实体上的权利视为双方已经达成一致了，劳动者不能反悔。相关法律依据：《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释（三）》第十条 劳动者与用人单位就解除或者终止劳动合同办理相关手续、支付工资报酬、加班费、经济补偿或者赔偿金等达成的协议，不违反法律、行政法规的强制性规定，且不存在欺诈、胁迫或者乘人之危情形的，应当认定有效。前款协议存在重大误解或者显失公平情形，当事人请求撤销的，人民法院应予支持。