企业商标有些侵权，企业名称商标侵权保护如何呢？

这个要具体分析。
首先，要确定你是否真的侵权。一般情况下，公司在注册的时候都有“核名”程序，只有确认公司名称合法才会给予注册。如果你的公司履行了工商注册手续，应该不会侵权。
其次，如果对方恶意以你公司名称注册商标，反过来说你侵权，可从以下三个方面找寻证据，申请工商仲裁，或走司法程序。证据
一：注册时间，如果对方注册时间晚于你，则是他侵权。证据
二：商品类别，商标注册保护是有保护范围的，如果不属于同一类别保护范围，不构成侵权。证据
三：商标使用情况，如果对方注册了商标，确定了保护商品类别，却不生产、销售相关产品，只是用来告你侵权，说明对方是恶意注册。
建议：咨询专业的知识产权机构或律师，认真对待此事。

商标与企业名称是两个不同的法律概念。商标是区别商品或服务不同出处的一种标志，而企业名称则是区别不同企业的语言文字。企业使用的商标要经国家工商局商 标局核准注册后才取得专用权，而企业名称在县级以上工商局登记后即可取得一定地域范围内的企业名称权。两个权利授予的程序、部门和权利保护范围是不同的。 另一方面，商标与企业名称又有着紧密的联系，例如有的企业把企业名称的核心部分作为商标注册。
商标权与企业名称权冲突的情况 主要是：有一定知名度的商标被其他企业有意或者无意地作为企业名称的核心部分使用，或者将他人有一定知名度的企业名称中的显著部分作为商标申请注册，引起 注册商标与企业名称的混淆，使国家对商标专用权的保护和对企业名称权的保护发生冲突。
目前，解决企业名称权与商标权冲突问题法律已有明确规定：
《企业名称登记管理规定》第5条规定：“登记主管机关有权纠正已登记注册的不适宜的企业名称，上级登记主管机关有权纠正下级登记主管机关已登记注册的不适宜的企业名称。对已登记注册的不适宜的企业名称，任何单位和个人可以要求登记主管机关予以纠正。”
第9条规定：“企业名称不得含有下列内容和文字：
（一）有损于国家、社会公共利益的；
（二）可以对公众造成欺骗或者误解的；……”该规定明确指出，对已登记注册的企业名称有可能对公众造成欺骗或者误解的，可以由登记主管部门予以纠正。
《商标法》第四十一条、《实施细则》第二十五条规定：已注册的商标，违反本法第十、十一、十二条规定的，或者是以欺骗手段或者其他不正当手段取得注册的， 由商标局撤销该注册商标，其他单位或者个人可以请求商标评审委员会裁定撤销该注册商标。下列行为属于《商标法》第四十一条第一款所指的以欺骗手段或者其他 不正当手段取得注册的行为：
（1）虚构、隐瞒事实真相或者伪造申请书件及有关文件进行注册的；……（4）侵犯他人合法的在先权利进行注册的；
（5）以其他 不正当手段取得注册的。其中，侵犯他人合法在先权利的，包括侵犯他人合法在先登记注册的企业名称权，对这种侵权获得注册的行为，他人可以向商标局或者商标 评审委员会申请撤销已注册的商标。
认定是否构成侵犯他人企业名称权或者商标专用权，应当主要考虑以下几个方面：
（1）企业名称登记注册或商标注册时间；
（2）已登记的企业名称与注册商标的使用是否会发生商品或服务来源误认；这种误认既包括对商品或服务来源的误认，也包括造成商标注册人或者企业名称拥有人与商标或者企业名称实际使用人之间存在某种联系的错误认识；
（3）商标或者企业名称相比较，哪个知名度更高；
（4）申请注册商标或者进行企业名称登记注册是否存在抄袭。模仿他人等主观恶意；
（5）企业名称使用方法不当，包括故意突出使用企业名称与他人注册商标相同或者近似的部分，以及故意将企业名称缩写，取其显著部分放大，构成与他人已注册商标相同或者近似；
（6）在商标使用许可行为中，在仅被允许使用注册商标时，故意同时使用商标权人的企业名称，造成商品产地混淆的；
（7）其他使用已登记企业名称或者注册商标对他人商标权或者企业名称权带来损害的情况。
由此可见，商标权与企业名称权均受法律保护。只有两者其中一方以不正当手段获得权利或者权利使用不当才会产生冲突，而且，这种权利冲突是可以依靠法律途径给予解决的。