检察院批捕后公安局能撤案吗，还会有案底吗？

逮捕的案件几乎不可能撤案，除非侦查机关又发现是冤枉的，但是你说得到对方谅解，说明不可能冤枉，所以肯定会诉到法院，不过谅解可以成为法院量刑的参考之一

检察院已经批捕，说明检察院已经认定公安机关犯罪嫌疑人存在的犯罪事实。
公诉案件，即使得到对方的谅解，也只是民事部分，刑事部分依法由检察提起公诉，是不能撤案的，但酌情是可以从轻或者减轻处罚的。
法律链接：《刑事诉讼法》第二百七十九条 对于达成和解协议的案件，公安机关可以向人民检察院提出从宽处理的建议。人民检察院可以向人民法院提出从宽处罚的建议;对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚的，可以作出不起诉的决定。人民法院可以依法对被告人从宽处罚。