我妈妈上个月过生日,我就向领导预支了工资,等到发工资直接从工资里扣,请问借支单在工资里扣合理吗？

合理。这个可以就你的工资发放情况及公司涂改情况进行说明，必要时进行鉴定。温馨提醒：预支工资时，普遍单位或私企为了少做财务帐，就通过个人借公司款项的名义操作，但是很多员工在领取工资时不会去要那张写有自己名字的借据，那是不对的，记得要拿借据回来。

这个要看企业相关制度是怎么规定的，国家没有相关法规。
一般，工资扣款都要征得本人同意，先发催报单或催收单，限期之内如果不还，从工资里扣除，等等，就是说要先告知，再采取措施，尤其是公事费用。