我们这里有几十户农户在2000年前路边有存水沟?

这要看大棚是否经合法审批。若当年依法办理了农业用地及建设手续，政府现因公共利益挖沟拆除，应当给予公平补偿；若系擅自填占公共水沟搭建，则可能被认定违建而难获赔偿。请尽快找出当年的承包合同、审批材料等证据，再依法主张权利。我是济南的殷德友律师，如果仍有疑问，欢迎追问或一对一咨询。

政府要恢复水沟，您家大棚面临拆除，关键看大棚有没有合法手续或历史形成事实。如果当年填沟建棚是村里默认或政府同意，现在要拆就属于行政补偿范围，应当赔您建设成本、大棚收益等实际损失。即便手续不全，只要不是恶意抢建，政府也不能一拆了之。您先别急着拆，把原始沟渠情况、村委会证明、大棚投入收据都留好，主动找政府谈补偿方案，谈不拢就要求书面决定，再申请行政复议或提起行政诉讼。我是杭州的吴亮律师，如果仍有疑问，欢迎追问或一对一咨询。