部门规章认定合同无效一般是哪种情况呢？

如果没有违反法律条文，而且合同双方已经签字盖章，在法律意义上讲合同有效。如果要判处条款无效，必须证明该条文违反法律条文或者损害公共利益或者第三方利益。
　　第五十二条　有下列情形之一的，合同无效：
　　
（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；
　　
（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；
　　
（三）以合法形式掩盖非法目的；
　　
（四）损害社会公共利益；
　　
（五）违反法律、行政法规的强制性规定。
部门规章认定合同无效可以参考以上条文