《民法典》可以调整甲公司与其分公司的业务指导关系吗

不由《民法典》调整。《民法典》是调整平等主体之间从事民事活动中发生的人身关系和财产关系。甲公司与其分公司之间的业务指导关系，属于同一主体内部的管理关系，不是发生在平等主体之间的民事活动，不属于《民法典》的调整范围。
【法律依据】
《中华人民共和国民法典》第二条，民法调整平等主体的自然人、法人和非法人组织之间的人身关系和财产关系。