企业注销时查验存根联丢失怎么办

存根联是一种票据凭证，属于原始凭证。
1、根据《中华人民共和国发票管理办法》规定，开具发票的单位和个人应当按照税务机关的规定存放和保管发票，不得擅自损毁。已经开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存5年。
2、保存期满，报经税务机关查验后销毁。擅自销毁发票存根联以及发票登记簿属于未按规定保管发票的行为。对此行为的单位和个人，由税务机关责令限期改正，没收非法所得，可以并处1万元以下的罚款。