专利申请需要保密的由什么部门进行审查

1、专利申请涉及国防利益需要保密的，由国防专利机构受理并进行审查;国务院专利行政部门受理的专利申请涉及国防利益需要保密的，应当及时移交国防专利机构进行审查。
2、法律依据：
《中华人民共和国专利法实施细则》第七条  
专利申请涉及国防利益需要保密的，由国防专利机构受理并进行审查;国务院专利行政部门受理的专利申请涉及国防利益需要保密的，应当及时移交国防专利机构进行审查。经国防专利机构审查没有发现驳回理由的，由国务院专利行政部门作出授予国防专利权的决定。
国务院专利行政部门认为其受理的发明或者实用新型专利申请涉及国防利益以外的国家安全或者重大利益需要保密的，应当及时作出按照保密专利申请处理的决定，并通知申请人。保密专利申请的审查、复审以及保密专利权无效宣告的特殊程序，由国务院专利行政部门规定。