我家房子在顶层，由于房屋本身漏水，渗水严重

我家房子在顶层，由于房屋本身漏水，渗水严重，补漏七八次，一直补不住，因此今年向居委会以及上级主管部门反映，申请搭建一个防水防漏棚，经居委会及上级主管部门实地考察后，同意搭建，并取得了一切合法手续，按规定要求搭建了个棚子。可建好四个月后，还是居委会及上级主管部门却一纸拆除违章建筑通知书要求三日内自行拆除，不拆就强制执行。我很困惑，这属违章建筑么？他说违章就违章了，我不申请上级同意了么？另外，我怎么才能维护我的合法权益？