父亲是集体户口，母亲是非农户口，孩子能在农村落户吗

可以的。
　　《批转公安部关于解决当前户口管理工作中几个突出问题意见的通知》第一条：“实行婴儿落户随父随母自愿的政策。今后，新出生的婴儿可以在父亲或者母亲常住户口所在地的户口登记机关申报常住户口。对以往出生并要求在城市随父落户的未成年人，可以逐步解决其在城市落户问题，学龄前儿童应当优先予以解决。”
　　需审核的证明材料如下：
（1）婴儿父母的结婚证；
（2）婴儿的《出生医学证明》；
（3）父母的《居民户口簿》、《居民身份证》。