中标方委托第三方（非中标方分公司）签订政府采购合同合法么

不可以。应当是总公司来签订合同，并在合同中约定由分公司来进行合同的履行。《政府采购货物和服务招标投标管理办法》第七十一条规定，采购人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人投标文件的规定，与中标人签订书面合同。所签订的合同不得对招标文件确定的事项和中标人投标文件作实质性修改。
第七十二条　政府采购合同应当包括采购人与中标人的名称和住所、标的、数量、质量、价款或者报酬、履行期限及地点和方式、验收要求、违约责任、解决争议的方法等内容。
第七十三条　采购人与中标人应当根据合同的约定依法履行合同义务。