我们公司的专利被侵权，处理侵犯专利权纠纷的部门是？

可以向当地的知识产权局进行投诉，也可以搜集证据向法院起诉索要赔偿
根据专利法第60条的规定，专利纠纷可以由以下3条途径解决：
1、由当事人协商解决；
2、向人民法院起诉；（专利侵权案件，中级法院一审管辖）
3、请求管理专利工作的部门处理。（省、市级知识产权局）

当事人请求处理或者调解专利纠纷的，由被请求人所在地或者侵权行为地的管理专利工作的部门管辖。两个以上管理专利工作的部门都有管辖权的专利纠纷，当事人可以向其中一个管理专利工作的部门提出请求;当事人向两个以上有管辖权的管理专利工作的部门提出请求的，由最先受理的管理专利工作的部门管辖。
管理专利工作的部门对管辖权发生争议的，由其共同的上级人民政府管理专利工作的部门指定管辖;无共同上级人民政府管理专利工作的部门的，由国务院专利行政部门指定管辖。