我朋友想要申请专利保护，专利权的保护归哪个部门管啊？

对未经专利权人的许可，实施其专利的侵权行为，专利权人或者利害关系人可以请求专利管理机关进行处理，也可以直接向人民法院提起诉讼。
这里的“专利管理机关”，包括国务院有关主管部门和各省、自治区、直辖市、开放城市、计划单列市和经济特区人民政府设立的专利管理机关。
这里的“人民法院”，是指各省、自治区、直辖市、人民政府所在地的中级人民法院、各经济特区中级人民法院作为第一审人民法院，各省、自治区高级人民法院根据实际需要，经过最高人民法院同意，可以指定本省、自治区内的开放城市没有专利管理机关的较大城市的中级人民法院，作为专利侵权的第一审法院。

专利管理机关就是专利法中所说的“省、自治区、直辖市人民政府管理专利工作的部门”，而国家知识产权局就是专利法中的“国务院专利行政部门”。根据专利法第3条规定：
国务院专利行政部门负责管理全国的专利工作；统一受理和审查专利申请，依法授予专利权。
因此申请只能向国家知识产权局申请！