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1、内页不同。房产证包括房屋所有权人、共有情况、房屋坐落、登记时间、房屋性质、规划用途、房屋状况和土地状况；不动产权证规定了权利人、证件种类、证件号、共有情况、权利人类型、登记原因、使用期限、取得价格。
2、外页不同。房产证外页颜色是绿色的，不动产证的外页是红色的，注明“中华人民共和国不动产权证”，落款“国土资源部”，全国统一编号。
3、印章不同。房产证的发证机关是市（县）房地产管理局（房产管理局）或市（县）人民政府；不动产登记机构由县级以上人民政府依法确定的、统一负责不动产登记工作的部门。
4、版本不同。房产证目前只有一个通用版本；不动产权证书一共有单一版和集成版两个版本，证书中记载了登记簿的主要信息。单一版证书记载一个不动产单元上的不动产权利，而集成版证书记载同一权利人在同一登记辖区内享有的多个不动产单元上的不动产权利。
5、费用不同。房产证的一部分10多年前销售的商品房，同时有土地证和房产证两本证书。当时办理这些证书时，要按照土地面积、房产面积分别进行两次测绘、缴纳两次测绘费用，缴纳两份制证成本费；不动产证测绘只要一次就行，制证的成本费也就收一次。