我的爸爸生病住院了，请问他自行签订的股权转让协议有效吗？

不一定，法律规定，股权转让协议签订后三十天内，双方应当去工商行政管理部门进行转让登记。没有登记的，不能对抗第三人。
也就是说，如果没有第三人掺和的话，转让对双方是有约束力的，不能以没有变更登记为由反悔

股权转让分为股东之间转让和向股东以外的人转让两种，但是无论哪种私下订立公司的股权转让协议是否有效都要查看公司章程的规定，章程中规定可以就可以，不可以就不可以，如果没有规定则按照公司法的相关规定：
1、有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。——既有效
2、股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。
其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。——既有效，但可撤销。