分居三年后，应该如何办理离婚手续

首先，若双方因情感不和而导致分居达两年之久，并且能够提供相关居所证明等确切证据，那么法庭将依法判定双方离婚。
其次，关于起诉离婚过程中的分居期限，通常以申请人夫妻双方共同承认并达成协议的最后一次同居之次日开始计算，直至提起离婚诉讼之日为止。
值得注意的是，如在分居期间双方有再次同居的经历，则需从该段同居关系结束的次日起重新计算分居时长。

《民法典》第一千零七十六条
夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。