行政许可流程合法影响第三人权益怎么办

当行政机关在施行行政许可过程中侵犯了第三方利益时，该第三方有权向上一级行政机关进行行政复议，亦或向人民法院发起行政诉讼。
行政诉讼程序包含了一审、二审以及申诉等多元化的机制。
对于已经产生法律效应的判决与裁定，如果当事人认为存在明显错误，可以向原审判人民法院或者其上一级人民法院递交申诉书，然而在此期间，判决与裁定并不因此而停滞执行。
此外，当事人还必须要严格履行由人民法院所做出的具有法律约束力的判决与裁定。
倘若行政机关拒不执行判决与裁定，人民法院有权采取相应的强制措施以确保其得以顺利执行。

《中华人民共和国行政许可法》第四十二条除可以当场作出行政许可决定的外,行政机关应当自受理行政许可申请之日起二十日内作出行政许可决定。二十日内不能作出决定的,经本行政机关负责人批准,可以延长十日,并应当将延长期限的理由告知申请人。但是,法律、法规另有规定的,依照其规定。
依照本法第二十六条的规定,行政许可采取统一办理或者联合办理、集中办理的,办理的时间不得超过四十五日；四十五日内不能办结的,经本级人民政府负责人批准,可以延长十五日,并应当将延长期限的理由告知申请人。