协议效力确认纠纷在法院由哪管辖

协议效力确认纠纷的管辖法院要根据具体情况来定。
要是当事人在协议里约定了管辖法院，而且这个约定符合法律规定，也就是约定的法院是和争议有实际联系地点的法院，像被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等，同时不违反级别管辖和专属管辖规定，那纠纷就由约定的法院来管。
如果协议中没有约定管辖法院，那就按法律规定确定管辖。合同纠纷引发的协议效力确认，由被告住所地或者合同履行地法院管辖。合同履行地要根据合同性质和履行情况判断，比如给付货币的，接收货币一方所在地是合同履行地；交付不动产的，不动产所在地是合同履行地；其他标的，履行义务一方所在地是合同履行地。
另外，有些特殊类型的协议纠纷有专属管辖规定。比如不动产协议纠纷诉讼，由不动产所在地法院管辖；港口作业中发生的协议纠纷诉讼，由港口所在地法院管辖；继承遗产纠纷涉及协议效力的，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地法院管辖。
遇到协议效力确认纠纷，要先查看协议有无约定管辖法院，有约定且合法就按约定来。没有约定就依据法律规定，判断被告住所地和合同履行地，特殊类型纠纷按专属管辖规定确定管辖法院。

案情回顾:

小朱与小何签订一份商业合作协议，后小朱认为协议效力有问题欲起诉。协议中约定若产生纠纷由合同签订地法院管辖，小何却认为该约定不合法，主张应按被告住所地法院管辖。双方就协议管辖法院产生争议，各执一词。

案情分析:

1、若协议中管辖法院约定符合法律规定，即约定的法院为被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的法院，且不违反级别管辖和专属管辖规定，那么就应按约定由合同签订地法院管辖。
2、若该约定不符合法律规定，则对于因合同纠纷引发的协议效力确认诉讼，由被告住所地或者合同履行地法院管辖。合同履行地需根据合同性质和履行情况判断，如给付货币的，接收货币一方所在地为合同履行地等。