虽然自主发行方式具有节约成本、增强自主地位、减少投资限制、简化发行流程、降低门槛等多方面的优势，但自主发行私募基金产品也会面临一些挑战：作为自主发行的私募基金管理人，需要对基金的整个运行过程负责，原本归为通道方的风控、合规和一些法律责任需要自己承担;脱离通道以后，私募机构从投资顾问转为基金管理人，原来由通道方提供的业务也需要自己完成。对于中小型私募而言，如果自行发行产品，原本由通道机构提供的服务均由自己承担，需要增加人员配置和基础投入，还会分散管理团队的精力。对于私募机构而言，投资管理能力是其核心竞争力，如果被附属业务分散精力，反而得不偿失;此外，一些刚起步小型私募机构需要借助通道机构的知名度、权威性、销售和运维能力来发展自己，对于自主发行还“有心无力”。
综上所述，在我国备案登记制出台之后，私募基金独立发行产品的现象越来越普及，这是因为相较于传统的信托发行模式，自主发行的私募基金对资质要求和投顾门槛更为宽松，私募基金掌握了更多的自主权，发行费用也大大减少，但是私募基金的自主发行仍然处于起步阶段，许多小型私募机构并不适用。
