劳动者的绩效工资的扣税计算方式为应纳税额=(工资薪金所得-“五险一金”-扣除数)×适用税率-速算扣除数。绩效工资分为广义绩效工资和狭义绩效工资，广义绩效工资又称绩效加薪、奖励工资(Merit pay)或与评估挂钩的工资。绩效工资计算：在每月只按实际支付个人的工资进行代扣代缴个人所得税，在半年实际支付考核奖时与支付当月的工资、薪金合并计算代扣代缴当月个人所得税。或者企业也可以采用年终一次性奖金的计算方法，《关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》(国税发[2005]9号)规定。
根据《北京市地方税务局转发国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》(京地税个[2005]100号)文件规定，在实行绩效工资的企业，个人平时按月取得的生活费或部分工资，应按月依照工资、薪金所得计算缴纳个人所得税。年终取得的绩效工资，应按全年一次性奖金计税办法计算缴纳个人所得税。
工资、薪金所得，是指个人因任职或受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或受雇有关的其他所得。这就是说，个人取得的所得，只要是与任职、受雇有关，不管其单位的资金开支渠道或以现金、实物、有价证券等形式支付的，都是工资、薪金所得项目的课税对象。
应纳税额=(工资薪金所得-“五险一金”-扣除数)×适用税率-速算扣除数
扣除标准5000元/月(2018年10月1日起正式执行)(工资、薪金所得适用)
