（一）犯罪行为对象范围偏窄，不利于对国家秘密的保护。根据《保密法》的规定，国家秘密分为绝密级、机密级和秘密级。有人认为，非法持有秘密级国家秘密的行为也具有一定的社会危害性，应当予以法律制裁，但从其社会危害性的程度来看，尚不到犯罪的程度，不应以犯罪论。刑法以及司法解释对非法持有国家绝密级、机密级文件、资料、物品罪没有做量的规定，即非法持有1件机密级国家秘密就可定罪处罚。但非法持有10件甚至更多的秘密级国家秘密却可不受刑事处罚。笔者不禁要问，难道非法持有大量的秘密级国家秘密的社会危害性、给国家安全和利益造成的损害会比非法持有1件机密级国家秘密的小吗？笔者认为，不能一概而论，应根据实际情况予以区分。就这点而言，现行法关于本罪的犯罪行为对象规定，不符合刑法“罪刑责相适应”的原则。在当前保密工作面临严峻复杂的形势下，既不利于保护国家秘密，也不利于有效惩罚非法持有一定数量秘密级国家秘密、给国家安全和利益带来巨大危害的行为，甚至有可能放纵非法持有秘密级国家秘密的行为。
（二）“拒不说明来源与用途”的犯罪构成要件设置不合理。本罪“非法持有”的要件，已经明确了行为人没有合法依据而实际支配国家秘密。如果行为人能说明国家秘密的合法来源与用途，那就不符合“没有合法依据”的要件；如果行为人拒不说明或不能说明来源与用途的，则符合“没有合法依据”的要件。如此看来，设置“拒不说明来源与用途”的要件，显得画蛇添足，多此一举。而且，“拒不说明”属于主观意识的范畴，在司法实践中难以认定。
（三）罪名的表述不科学。随着现代科学技术的迅猛发展，国家秘密的存在形式和运行方式发生了很大变化，声、光、电、磁等介质广泛应用于传递、存储国家秘密。本罪中“文件、资料和其他物品”的内涵，难以包含国家秘密存在的所有形式，而且作为选择性罪名，表述起来非常繁琐，有必要作出科学、规范的表述。
