实行综合计算工时工作制的因疫情防控需要加班的，在法定节假日加班的按照300%支付加班工资;其他时间则要看在综合计算期间是否超过工作时间总数，没有超过的不用支付加班工资，超过的则按照延长工作时间支付150%的加班工资。
《劳动部关于职工工作时间有关问题的复函》(劳部发〔1997〕271号)第七条规定，“实行综合计算工时工作制的企业，在综合计算期间内，如果劳动者在实际工作时间总数超过该周期的法定标准工作时间总数，超过部分应视为延长工作时间。如果在整个综合计算周期内的实际工作时间总数不超过该周期的法定标准工作时间总数，只是该综合计算周期内的某一具体日(或周、或月、或季)超过法定标准工作时间，其超过部分不应视为延长工作时间。”此外，该复函第五条规定：“其中法定休假日安排劳动者工作的，按《劳动法》第四十四条第三款的规定支付工资报酬。”
