建设
施工合同制度明确要求此类合同需向有关部门进行备案，如果出现建设施工合同与“
补充协议”之间的规定存在差异的情况时，应按照何种准则进行
工程款项的最终结算？依照我国最高人
民法院发布的《关于审理
建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》中的第21条，“当自订立的建设
工程施工合同与已经过备案的中标合同本质上的内容相冲突时，为了
保证工程价款的公正核算，应依照已备案的中标合同为准”。
这便是我们所说的“黑白合同”，也称之为备案合同，应以此为基础进行结算的常规原则。
值得关注的是，即便是非强制
招标工程项目，只要是按照相应流程完成了招
投标活动，并签订了相关的施工合同并且进行了备案工作，那么无论之后是否再订立另一份“黑白”合同，均应遵循《司法解释》中的第21条规定，采用备案合同来进行工程结算。
因此，如发现主合同以及补充合同的结算结果存在出入时，首先要查看合同中如何对这一问题做出具体的约定;
如无约定，则通常会以补充协议为准。
但如果发现补充协议的签署过程存在
违法违规行为的话，则应优先考虑以主合同为准进行结算。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同
纠纷案件适用法律问题的解释》第21条规定
