首先，务必明确拥有管辖权的法院，通常为被告的住所地或者股东协议的履行地所在的法院。
这是诉讼程序的关键起点，只有确定了合适的法院，诉讼才能顺利进行。
其次，精心准备起诉状。
需详细写明原被告的基本信息，让诉讼对象清晰明确。
诉讼请求要具体，像要求切实履行股东协议，或者要求对方给予相应的赔偿损失等。
同时，要充分阐述事实与理由，把股东协议纠纷的具体情况细致地呈现出来，为后续的诉讼过程打下坚实基础。
然后，全面收集相关证据。
诸如股东协议的文本，这是最直接的依据；履行协议过程中的相关凭证，能证明协议的执行情况；还有双方往来的信函或邮件等，这些材料都能有力地证明自己的主张，增强诉讼的说服力。
将起诉状和证据一并提交给法院后，法院受理便会通知被告，被告进行答辩。
接着法院会安排开庭审理，在法庭上双方要依次进行举证、质证、辩论等重要环节，最终由法院依据事实和法律作出公正的判决。
若一方对判决不服，还可在规定期限内提起上诉，继续维护自己的权益。
