民事纠纷欠款被起诉，款项还清后，可按以下步骤处理：
- 与原告沟通：及时告知原告款项已还清，要求其向法院说明情况，并申请撤诉。若通过转账等方式还款，应保留好转账记录、聊天记录等作为还款凭证。
- 关注法院流程：原告申请撤诉后，等待法院作出是否准许撤诉的裁定。若法院裁定准许撤诉，该案件即终结，可从法院获取相关撤诉文书。若原告不配合申请撤诉，可向法院提交还款协议、收条、转账凭证等还款证据，请求法院根据实际情况处理。法院查明款项已还清后，会依法作出相应判决或裁定，结束诉讼程序。
- 留存相关文件：妥善保存与案件有关的所有文件，包括法院的裁定书、判决书、还款凭证等，以备后续可能出现的纠纷。
此外，如果在诉讼中申请了财产保全，还需向法院申请解除保全措施，让对方被冻结的财产恢复正常状态。
