分居两年单方面可以起诉离婚吗，有什么程序

一般在被告住所地法院起诉，或者在被告居住超过一年以上的所在地法院起诉。一审一般3—6个月，二审一般3个月。如果法院第一次判决不离的话，六个月之后可以重新起诉，第二次起诉法院一般情况下认定为确实感情破裂无法挽回才起诉第二次的，实践中第二次起诉离婚一般都会判决解除婚姻关系，两人从此形同陌路!
至于孩子由谁抚养这得看哪一方的抚养对孩子的成长更有利，法院确定抚养权时会综合考虑孩子现在的生活状态、双方的工作收入以及其他因素等，一般两周岁以下的孩子由女方抚养，十周岁以上的还要听取孩子的意见。一方抚养孩子，另一方支付抚养费，一般为月收入的20%—30%;

关于分居两年单方面可以起诉离婚吗的回答为当然可以。但不会自动离婚，需要协议离婚或者是诉讼离婚。1、协议离婚。
双方协商后，凭双方的离婚协议书、结婚证、身份证、户口本到一方常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚手续，婚姻登记机关应当对离婚登记当事人出具的证件、证明材料进行审查并询问相关情况。对当事人确属自愿离婚，并已对子女抚养、财产、债务等问题达成一致处理意见的，应当当场予以登记，发给离婚证，夫妻生活走到尽头!