请问系怀柔土地承包确权纠纷该怎么办呢

如果是从村集体承包，签订承包协议的，承包协议有效。
农村实行家庭承包经营制前划给农户耕种的自留地（含自留山），第二轮土地承包时已并入承包地的要一并计算承包地面积进行确权登记；第二轮土地承包时来未列入承包地的，按实有地块数量、面积、边界、位置登记，征求多数村民意见，可以纳入这次承包土地一并确权，但必须在表册、台帐和经营权证书上注明“自留地”。在确权登记中，对历史遗留和土地承包经营权纠纷应尽量通过调解解决，对调解不成的可通过仲裁、诉讼程序，若仍不能处理暂不确权登记，待争议解决后再进行确权登记。在《关于农村集体土地确权登记发证的若干意见》当中，规定凡属以下情况不能登记发证：如借户籍管理制度改革或者擅自通过“村改居”等方式，非经法定征收程序将农民集体所有土地转为国有土地、农村集体经济组织非法出让或出租集体土地用于非农业建设、城镇居民在农村购置宅基地、农民住宅或是“小产权房”等违法用地。因此，大家必须注意自家的土地不能违反上述规定，否则将无法享受土地确权之后的权益。

现在办理的确权是对二轮承包的怀柔土地承包确权，承包的荒山是看什么性质，如果是二轮承包是分配而来应该确权，农村土地二轮承包时，已经承包到户的村组小农场或集体土地，可按二轮承包时实际发包到户的面积确权登记，未承包到户的原则上暂不确权登记，归集体所有。