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（一）对于有证房屋所有者，要妥善保管好房屋产权证书，在面临赔偿时积极配合评估工作，提供准确的房屋相关信息，以确保能按照法定标准获得合理赔偿。
（二）对于无证房屋所有者，若房屋属于历史遗留的合法建筑，应主动收集能证明房屋合法性的相关材料，如建房时的审批文件、村委会证明等，向相关部门申请认定，争取合理补偿；若因行政机关过错导致无证，可通过合法途径要求行政机关协助解决补偿问题。
法律依据：
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条规定，市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。
1.有证房屋产权清晰，赔偿按市场评估价值和法定标准执行。拆迁时会综合考虑房屋面积、结构、地段等，给予房屋价值、搬迁安置等全面补偿。
2.无证房屋情况复杂。历史遗留的合法建筑认定后可获合理补偿；违法建筑一般无补偿，但因历史或行政机关过错导致无证，可能适当补偿。
3.两者赔偿差距源于合法性认定。有证房屋权益保障充分，无证房屋需审查合法性确定补偿，数额可能相差几成到数倍，依实际情况而定。
结论：
有证房屋与无证房屋赔偿存在显著差异，有证房屋按法定标准依市场评估价值补偿，无证房屋需认定合法性后确定补偿额度，赔偿数额可能相差较大。
法律解析：
有证房屋产权明确，其赔偿会依据市场评估价值，按法定标准进行。像拆迁时，会综合房屋面积、结构、地段等因素，给予房屋价值补偿、搬迁安置补偿等全面合理的补偿。而无证房屋情况复杂，历史遗留的合法建筑经认定可获合理补偿，违法建筑一般不予补偿，但因历史原因、行政机关过错等导致无证的，可能给予适当补偿。两者赔偿差距源于合法性认定，有证房屋合法权益受充分保障，无证房屋需严格审查。赔偿数额可能少则是有证房屋补偿的几成，多则相差数倍甚至更多，具体依实际情况而定。若对房屋赔偿问题存在疑问，可向专业法律人士咨询，以保障自身合法权益。
有证房屋与无证房屋赔偿差异显著，主要源于合法性认定不同。有证房屋产权明晰，赔偿依据市场评估价值和法定标准，拆迁时会综合多因素给予全面合理补偿，合法权益受充分保障。无证房屋情况复杂，历史遗留合法建筑经认定可获合理补偿，违法建筑通常不补偿，特殊情况可能适当补偿，需经严格审查确定补偿额度。
为减少赔偿差异带来的矛盾，可采取以下措施：一是完善房屋产权登记制度，解决历史遗留问题，让更多房屋能合法确权。二是在认定无证房屋合法性时，综合考虑历史、行政等多方面因素，确保认定结果公平合理。三是加强对拆迁补偿政策的宣传，让公众了解有证与无证房屋赔偿差异及认定标准。
法律分析：
（1）有证房屋因产权明晰，其赔偿通常依据市场评估价值，遵循法定标准。在拆迁等情形下，会综合多方面因素给予全面合理补偿，涵盖房屋价值、搬迁安置等方面，合法权益能得到充分保障。
（2）无证房屋情况复杂。历史遗留的合法建筑经认定可获合理补偿；违法建筑一般不予补偿，但因历史原因、行政机关过错等导致无证的，可能适当补偿。其需经过严格合法性审查认定后，才能确定补偿额度。
（3）两者赔偿差距主要在于合法性认定，赔偿数额可能相差较大，少则几成，多则数倍甚至更多，具体依实际情况而定。
提醒：
对于有证房屋要妥善保管产权证书；无证房屋应及时了解相关认定政策，若遇复杂情况建议咨询专业人士分析。
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