破产清算时留抵税额是不是计入清算损益

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不是的。 破产清算时留抵税额不可计入清算损益，由于增值税是价外税，增值税留抵税额未纳入企业会计损益核算，只能将其转入存货的成本。 《财政部国家税务总局关于增值税若干政策的通知》，一般纳税人注销时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。

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需要分情况。
1、一种观点认为：
核实企业注销损益时，该企业留抵税额(进项税额)应该计入存货成本中，若没有存货，则计入销售成本，即可以放入清算损益，即企业所得税法中没有明确规定的，按会计进行处理。
2、另一种观点认为：此种情况一般存在账外经营，或者是进项税额的抵扣比例为17%，而销项税额按13%缴纳。前者属于逃避纳税义务的行为，如果计入清算损益，属于增值税上的损失由所得税上来弥补，即由国家来承担损失，这样明显不合理;如果是正常留抵税额，可以计入损益，否则不可以计入清算损益。
法律依据：
《企业破产法》
第七条
债务人有本法第二条规定的情形，可以向人民法院提出重整、和解或者破产清算申请。债务人不能清偿到期债务，债权人可以向人民法院提出对债务人进行重整或者破产清算的申请。企业法人已解散但未清算或者未清算完毕，资产不足以清偿债务的，依法负有清算责任的人应当向人民法院申请破产清算。