我想咨询一下与男友签订协议结婚违约金有效吗

从合同法上说是无效的。
您与您男友基于这份协议而形成的关系，在理论上被称之为“合同界域之外之约定”。该约定涉及“最为隐私的个人自由领域”，该领域内容合同法介入，即使您与您男友具有受约束的意思，也不成立合同关系。同时，合同法第二条规定：“本法所称合同是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、中止民事权利义务关系的协议。婚姻、收养、监护等有关身份关系的协议，适用其他法律的规定。”所以，您与您男友之间的协议不适用合同法，无法适用合同法关于履约、违约、解除等相关规定。