税务行政诉讼是国家审判活动的重要组成部分，与其他诉讼活动一样，应遵循一些共有的诉讼原则，但税务行政也有自己特有的原则，主要有以下几方面：
(一)诉讼期间具体行政行为不停止执行原则；
这是《行政诉讼法》第44条规定的一些原则，在税务行政诉讼中这一原则表现得尤为明显。税务行政相对人对税务机关作出的具体税务行政行为不服，向人民法院提起诉讼，在诉讼期间，税务机关作出的具体税务行为不停止执行。实行这一原则主要是考虑如果在税务行政诉讼期间，停止具体税务行政行为，一方面剥夺了税务机关的行政管理权利，在税务管理上形成一种暂时的“真空”或放任阶段;另一方面，即使退一步讲，如果这一税务行政行为在诉讼结束后被认为是违法的，可以返还已执行的税款，而不至于有不可弥补的损失。因为如果是像拆迁房屋的决定，一旦执行就会有无法弥补的损失，因此可以暂时停止执行。
(二)不适用调解和反诉原则；
调解原则是民事诉讼中一个重要原则，但不适用于税务行政诉讼。这是因为税务机关的行政行为是代表国家作出的，是一种执法行为，对税务行政机关来说税务征管权不仅是一种职权，而且是一种职责，所以，不允许税务机关在调解中妥协，放弃法定职责，或用国家的公益满足个人的私益，因此，对税务行政诉讼不能适用调解。
在此，应当把法院主持的调解与当事人之间主动进行的和解区分开来，税务行政诉讼不能适用调解，也就是说法院不能掇合双方当事人解决争议;但是税务行政诉讼都可以进行和解。税务行政机关可以在其自由裁量权范围内与相对人和解解决争议。例如相对人因偷税而被罚款，不服提起诉讼，后来在和行政机关的交涉中，认识了自己的行为性质，其认错态度较好，并且主动补缴偷漏税款，因此税务行政机关在职权范围内减轻了处罚幅度，相对人予以接受并撤消了诉讼。这是一种典型的税务行政机关和相对人之间和解解决税务行政诉讼的争议。
不适用反诉，这是行政诉讼本身的一项原则在税务行政诉讼中的反映。这是因为税务机关拥有行政管理的强制权力，它无须直接依靠法院的强制力制裁违法者，完全可以依靠其职权处罚。而且税务行政行为是依法作出的，不能在已经作出行政行为之后，又因原告向人民法院起诉而要求人民法院加重对原告的处罚。另外按法律规定，行政机关不享有起诉权，因此也就不适用反诉。
(三)被告负说服举证责任的原则；
税务行政诉讼过程，如果税务行政管理相对人(原告)认为税务机关某一具体行政行为侵犯了其合法权益，对此税务机关作为被告就要拿出没有侵犯其合法权益的事实证据和法律依据。这就要求税务行政机关行政，以事实为根据，以法律为准绳。

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