第二次起诉离婚，两个孩子的抚养问题没解决好。法院会应该如何判决。

因为你已经离婚过一次，你去第二次离婚，此时一般会认定为夫妻双方感情破裂，判离婚的概率会在原来的基础上提高很多。
关于孩子的抚养权问题双方可以协商，若不能协商，双方就孩子的抚养权问题可以到，会根据双方的实际情况如生活环境、工作条件、经济收入、教育背景、小孩年龄等综合情况来判决，总之，孩子的抚养权归谁判决的依据和坚持的原则是判给最有利于孩子的健康成长的一方。
因为你们有两个小孩，所以实践中为了公平，考虑孩子父母的情况，一般是平均分配，即尽量做到双方一人抚养照顾一个小孩，除非双方中有一方存在特殊情形。这里的特殊情形是指长期存在家暴、遗弃、虐待小孩、自身存在吸毒、赌博的恶习且屡教不改等行为。