因员工个人原因不上保险，也书面证明，是否就合法？

因为缴纳社保是强制性规定。不允许以协议的形式来排除它。
我国《劳动法》规定，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。从法律的规定我们可以看出，社会保险是国家强制保险，为职工办理社会保险是用人单位的法定义务，即使劳动者主动提出要求也不能免除用人单位为职工参加社会保险的法定义务。劳动者虽主动要求用人单位不为其参加社会保险，并作出书面承诺，但会有最终会被认定为无效的风险，