我公司一个员工怀孕了，员工怀孕期间的工资怎么发放啊？

1、如果是产假，当然是三个月，按底薪算。计件按过去三个月的平均工资算。
2、如果是病假，所有月薪工人以月薪为计算基准，所有计件工人则以其过去三个月的平均工资为计算基准。但工人所有之工资不低于最低工资的80%。

首先要明确员工的身份性质和单位的体制性质以及所在单位的工资制度。简要的情况就是：
1，国有体制的企业，执行固定工资制度的岗位女性员工，在怀孕期间，因身体原因请假，是不会扣工资的。
2，国有体制的企业，执行基础工资加浮动工资制度的岗位女性员工，在怀孕期间因身体原因请假，基础工资会照发，但会减发浮动工资。
3，私有体制的企业，执行按出勤天数累加工资制度的岗位女性员工，通常就是上班就有当日工资，不上班就没有当日工资，因单位原因而准许在家休息的情况除外。
4，私有制的企业，完全执行效益工资制度或是提成工资制度的，有效益就有工资，没效益就没工资。