食品经营许可证在哪个部门办理

工商部门。

需要到所在区域的工商部门办理。
办理食品流通许可证之前要注意以下几点：
1、新设食品流通经营企业申请食品流通许可证的申请人须为该企业的投资人；
申请人应当在申请书上签字盖章。
2、已经具有主体资格的企业申请食品经营许可证，该企业为申请人。
3、个体工商户申请食品流通许可，本人为许可的申请人。
4、申请食品流通许可证所提交的材料，应当真实、有效、符合法定形式。
申请人应当对其提交材料的真实性负责。

《食品经营许可管理办法》第十二条
申请食品经营许可，应当向申请人所在地县级以上地方食品药品监督管理部门提交下列材料：
（一）食品经营许可申请书；
（二）营业执照或者其他主体资格证明文件复印件；
（三）与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件；
（四）食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等保证食品安全的规章制度。
第十三条
申请人应当如实向食品药品监督管理部门提交有关材料和反映真实情况，对申请材料的真实性负责，并在申请书等材料上签名或者盖章。