(一)鉴定中存在的问题
1、专家库构成的地域性及专家们主要来自各有关医疗单位，使其在鉴定中始终难以超脱，现实中医疗事故难以“构成”，患者对鉴定结论不服或质疑的现象十分普遍。诉至法院的医疗纠纷，被鉴定构成医疗事故的尚不足10%，而法院转而委托法医鉴定，最后判令医院赔偿的则达到60%左右。
2、鉴定结论的质证问题难以解决。鉴定结论作为证据，必须经庭审质证。但医疗事故技术鉴定结论到底应由谁出庭参加质证没有明确规定，实践中对应由医学会或由鉴定组的专家存在争议。同时，由于专家组是按少数服从多数的原则形成鉴定结论的，在意见不统一的情况下，专家组由谁出庭也存有争议。加之专家出庭费用没有制度上的保障。因此，审判实践中专家极少有愿意出庭参加质证的，医学会本身也大多不主张专家出庭参加质证。我院至今尚未有医学会的专家出庭接受质证的记录。在专家不出庭接受质证的情况下，对鉴定结论应如何取舍则是法官们必须面对的难题。
(二)举证中存在的问题
1、申请医疗事故鉴定的问题。根据《条例》和《医疗事故处理条例》审理医疗民事案件的通知(以下简称《通知》)规定，委托医学会鉴定的方式有三种：
（1）医患双方达成协议，共同委托医学会组织进行;
（2）卫生行政部门为处理医疗事故而委托医学会进行;
（3）是在诉讼过程中法院根据当事人的申请或依职权决定进行医疗事故司法鉴定，交由医学会组织进行。实践中，医方举了诊疗过程中的全部材料，主张其与损害无因果关系，无医疗过错。
2、举证责任分配及倒置的问题。民事诉讼证据的若干规定第四条第(八)项规定，因医疗行为引起的侵权诉讼，由医疗机构就医疗行为与损害结果之间不存在因果关系及存在医疗过错承担。按目前的通常理解，在医疗事故纠纷中，患方只要举证证明其与医院存在医患关系及其受到医疗损害即可，剩下的就由医院来证明了。依照举证责任分担的原则，医院在举证不能的情况下，就要承担败诉的后果。问题是，患者在诉讼请求中，如何正确确定赔偿数额?在没有做技术鉴定的情况下，这是很难把握的。在诉讼中，如果医患双方都不申请技术鉴定，法院虽然可以推定医院与患者受到的损害存在因果关系及存在医疗过错，但如何确定赔偿数额则又是个难以逾越的障碍。因此，从操作的角度看，如果认定医院应该赔偿，则必须先做医疗事故技术鉴定，否则，法院将无从下判。关于什么情况下必须申请技术鉴定，由谁申请以及不申请的情况下如何处理，这是目前审判实践中的难题。因此，有人认为医疗纠纷诉讼的难点在鉴定。上述问题还需明确。
(三)在具体确定赔偿中存在的问题
对《条例》中“参照”的理解问题。《通知》第一条规定：“条例施行后发生的医疗事故引起的医疗赔偿纠纷，诉到法院的，参照《条例》的有关规定办理。”第三条规定：“条例施行后，人民法院审理医疗事故引起的医疗赔偿纠纷民事案件，在确定医疗事故赔偿责任时，参照条例第四十九条、第五十条、第五十一条和五十二条的规定办理。”这里两次提到了“参照”。应如何理解“参照”，目前审判实践中有争议，一种意见认为，《条例》不是民事法律，用行政法规来调处民事纠纷，它又是一种比照，总的原则是比照《条例》处理，但是具体案件中不一定完全按照《条例》处理。因此，《通知》只是最高法院对如何适用《条例》的一个表态，是要求法官们在处理医疗事故纠纷时如何掌握一个度的问题，是比照，而不是绝对照搬。
总的来说，医疗纠纷鉴定是为了让法官能更公正的做出评判的一个证据，无论是在起诉前起诉后都可以进行。发生医疗纠纷的时候，还是双方寻求沟通而不是争吵来解决问题，这才是最佳办法。关于医疗纠纷鉴定法院是怎么要求的，大家明白了吗？
