总公司代替分公司签署合同是合法的，公司在成立发展有一定规模之后可以成立分公司，若是分公司在成立之前，就已经规定了总公司有权替其签署合同，那么在分公司注册成功之后，总公司才能代替分公司去签署合同，也即正常情形下，总公司是能代替分公司的。
反过来说，分公司不能代表总公司签合同，除非分公司已经得到了总公司的授权。这是由于分公司并没有独立的资产，故此对于民事主体而言，在与分公司签署合同之前，需要确定该分公司是否已经获得了签署此类合同的权利，对于任何总公司并没有授权的合同，即使与分公司签署之后，也有可能并不会有效。
