公司借着说是当时跟员工盖章的章印是模糊的，不清楚，于是就否认与员工有劳动关系，但是员工当时也没有怀疑什么，现在公司以没有劳动关系不愿意支付工资，该合同是否有效的吗

根据我国法律的规定，以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的，用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的劳动合同，违反法律、行政法规强制性规定的劳动合同视为无效的合同。按照您的描述，如果签订劳动合同的双方对公章模糊的情况并没有异议，则不应当视为无效的合同。