找不到户籍档案，派出所查不到户籍档案合法吗

只要你原来是有户口的，是可以到户籍地派出所申请补录的，给你列一下补录的依据：
1，户口外册（户口本）
2，户口内册（常住人口登记表）
3，身份证；
4，结婚证（证上有你的身份证号等信息），
5，出生证；6；村委会证明。这些都可以作为补录的依据的。

父子关系证明一般是由户口登记根据登记记录出具，同时户口登记蔳上有明确的父子关系可母子关系的关系记载。
　　但也会出现成人后在外地工作，成家后而另立户口本了，在本人的户口登记记录中和户口登记蔳中也不会有记录，所以所在地派出所（户政管理机关）无法出具本地登记之外的的人员的关系证明。这样就须去本人出身地或户口迁出地开具证明了，人出生后报户口时，会明确留下父母的信息，到原出生地管理户口的派出所，经过民警查阅当年的户籍资料，核实情况后，即可开具父子关系证明。
　　还有就是有的地方因年代久了，或因当时户政管理机制不建全（我出身地当时就是公社的文书管户口，当时公社没有派出所），而户口迁出后户口信息消失了，出现派出所也直接办不了证明的情况。这就需所家族，相邻等三人以上证言，并经村，镇和当地公安机关证明其真实性，这样一般也能起到证据或证明作用，如果需要证明的机关要求严可以进行司法公证确认其法律效力。