问一下施工合同补充协议是否有效呢？

补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当与补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。

原则上应该是可以的,而且一般来讲,在签订补充合同时都会注明与原合同不一致时以补充协议的内容为准之类的话.因为现在的合同是充分尊重当事人的意思自治的,所在只要内容合法有效,都没有太大问题.
但这里要提醒你,有些非常特殊的合同特别是需要在相关部门备案的,那就不能在补充合同中随便更改.举个简单的例子,建设工程通过了招投标,那么所签订的建议工程合同是需要送相关部门备案的,但现实中往往双方又会订立一些与原合同不一致(主要是工程价款方面)的补充合同,如果是这种情况,按照招投标法及最高人民法院的相关司法解释,这样的补充合同中的内容是具有相应效力的,也不能推翻原合同.
对于施工合同补充协议是否有效这个问题，可参考以上规定