合作协议被约定了仲裁条款怎么办

法律分析：
（1）仲裁条款基于双方自愿，有效仲裁条款要明确仲裁机构且无仲裁法规定的无效情形。这是确保仲裁程序合法启动的基础，若仲裁机构不明确，会导致仲裁无法顺利进行。

（2）有效仲裁条款在合作出现争议时排除法院管辖权，应向选定仲裁机构申请仲裁。仲裁一裁终局，高效且专业，能快速解决争议，节省时间与成本。

（3）认为仲裁条款有问题，如仲裁机构不明、超法定范围等，可向法院申请确认无效。法院认定无效后，争议可通过诉讼解决。但对仲裁条款效力有异议需在仲裁庭首次开庭前提出。

提醒：
签订合作协议时，务必仔细审查仲裁条款，确保其清晰有效；对仲裁条款效力存疑，及时在规定时间提出。  

仲裁条款是双方自愿把争议交仲裁解决的约定。合作协议里有仲裁条款，先看其是否有效，有效条款要明确仲裁机构且无仲裁法规定的无效情况。

   仲裁条款有效时，合作有争议就不能找法院，得按约定向选定仲裁机构申请仲裁。仲裁一裁终局，高效又专业。

   要是觉得仲裁条款有问题，像仲裁机构不明、超法定范围等，可向法院申请确认无效。法院认定无效后，就能走诉讼途径。但对效力有异议，要在仲裁庭首次开庭前提出 。

结论：
合作协议中的仲裁条款效力影响争议解决方式，有效则依约仲裁，无效可诉讼，对效力有异议需在仲裁庭首次开庭前提出。
法律解析：
仲裁条款基于双方自愿，有效仲裁条款要明确仲裁机构且无仲裁法规定的无效情形。若仲裁条款有效，合作产生争议时法院无管辖权，需向选定仲裁机构申请仲裁，仲裁一裁终局，高效且专业。若仲裁条款有问题，如仲裁机构不明、超法定范围等，可向法院申请确认无效，法院认定无效后争议可通过诉讼解决。需要注意，当事人对仲裁条款效力有异议，应在仲裁庭首次开庭前提出。若大家在实际遇到仲裁条款相关问题，对其效力判断不准或者不知如何处理，欢迎向专业法律人士咨询，以便维护自身合法权益。  

（一）在签订合作协议时，务必仔细审查仲裁条款，确保明确约定了具体的仲裁机构，避免因仲裁机构不明确导致条款效力存疑。
（二）合作过程中出现争议，若仲裁条款有效，及时按约定向选定仲裁机构申请仲裁，充分利用仲裁一裁终局的高效性和专业性解决问题。
（三）若发现仲裁条款可能有问题，如超出仲裁法定范围，应在仲裁庭首次开庭前向法院申请确认仲裁条款无效，以便后续通过诉讼解决争议。

法律依据：
《中华人民共和国仲裁法》第二十条规定，当事人对仲裁协议的效力有异议的，可以请求仲裁委员会作出决定或者请求人民法院作出裁定。一方请求仲裁委员会作出决定，另一方请求人民法院作出裁定的，由人民法院裁定。当事人对仲裁协议的效力有异议，应当在仲裁庭首次开庭前提出 。

仲裁条款作为双方自愿将争议提交仲裁解决的约定，在合作协议中意义重大。有效仲裁条款需明确仲裁机构且无仲裁法规定的无效情形，一旦有效，合作争议时便排除法院管辖权，应依约向选定仲裁机构申请仲裁，仲裁一裁终局，兼具高效与专业。

针对相关情况有如下措施建议：
1. 签订合作协议时，双方务必仔细审查仲裁条款，确保明确约定仲裁机构，避免出现模糊不清或易引发歧义的表述，严格按照仲裁法规定拟定条款，确保其有效性。
2. 若对仲裁条款效力存疑，应在仲裁庭首次开庭前，及时向法院申请确认仲裁条款无效。若法院认定无效，便可通过诉讼解决争议。
3. 选择仲裁机构时，充分考量其专业性、权威性以及过往处理类似案件的经验，以保障后续仲裁的公正与高效。