通常情况下，企业厂房违建强拆过程中可能发生的损失主要包括四类，一是房屋建筑本身二是房屋建筑拆除后的剩余建筑材料三是建筑厂房内的机器设备、原材料和产品等财产四是停产停业造成的损失。
此时企业主就要考虑在两种情况下损失由谁承担。
第一种情况是厂房实际上并非违建。
此时被拆迁企业主维权的重要方向是通过行政复议及行政诉讼途径确认违建认定和拆除的过程中存在的违法问题。如果能够确认对违建认定和处理违法，那么被强拆厂房建筑自然就是合法建筑，是被拆迁人的合法财产。
法律保护公民的合法财产不受侵犯，此时由于相关行政部门的错误行政行为致使被拆迁人的财产遭受损害，被拆迁人有权主张相应的损害赔偿(国家赔偿)。
此时包括厂房建筑被损毁、被毁坏的其他财产以及因此遭受的停产停业损失都应得到赔偿或补偿。
第二种情况是被强拆厂房建筑确属违建。
此时违法建设依法本就应被拆除，因此厂房被拆除，建筑物本身存续状态被消除并无问题，被拆迁人承受的这部分损失应由被拆迁人自己承担。
但根据相关法律规定，相关行政执法人员在对违法建设进行拆除的时候，无权对被拆迁人的其他财产进行任意处置，更不能因为对违法建设的拆除将建筑内的财产一并损毁。
违建拆除过程中，相关行政部门拆后应及时将建筑内财产物品搬离，并对相应物品进行保管、妥善安置及及时清点、交付陈达。
如果强拆人员未将屋内财产搬离即实施强拆，或搬离后未妥善安置保管相关财物，也未及时将财产物品交付给被拆迁人或未能为被拆迁人提供方便条件妥善处理相关财物，导致被拆迁人违法建筑之外的财产遭到损失的，被拆迁人可以依据《国家赔偿法》等相关规定主张损失赔偿。
此外，违建拆除的法律效果仅仅是建筑存续状态的灭失，拆除后的建筑材料仍为被拆迁人的合法财产，被拆迁人可以自行处置使用。
要特别提醒被拆迁人的是，通常情况下，因拆除行为必然导致的合理范围内的毁损应由被拆迁人自行承担，但对被拆迁人合法财产造成不应有的损害的，应对被拆迁人进行赔偿。
同时，如被强拆厂房确实为违法建筑的，停产停业损失和设备搬迁费用并非拆除行为直接导致的损失，这部分损失一般会由被拆迁企业自行承担。
实践维权过程中，每个企业的具体情况不同，维权的切入点也就不同。但被拆迁企业主可以明确的是，不管被强拆的建筑厂房是否确为违建，其认定和处理都需根据相关法律规定的要求进行。
且即使被强拆厂房是违建，被拆迁人的其他财产权利也受到法律保护，并不因厂房为违法建设就可以不被尊重。