土地被征收，上级部门从中收取农民的厂征服补偿款合法合理吗？

根据《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国征收与补偿条例》等法律法规规定，土地被征收后，征收单位应当根据被征收土地的类型、使用权期限、地理位置和市场价格等因素，依法向被征收人支付土地征收补偿款。被征收人在接受征收补偿款后，不应再向上级部门或其他组织缴纳类似的费用或款项。

因此，上级部门从中收取农民的厂征服补偿款是不合法的，属于违法行为。如果您遇到了类似情况，建议您及时向有关部门举报或寻求法律援助。