男方不同意离婚。结婚证都在男方手上 。这种情况

可以去民政局开婚姻关系证明，然后委托律师起诉离婚

一般先走法院起诉，第一次一般都是判调解，然后分居半年以上第二次起诉，没有太多的财产纠葛都很快判离的。
还有就是如果有事实证明分居超过两年，就可以直接诉讼离婚，也是很快就判离。
分居的时候要注意的是，
1、分居的原因是由于夫妻感情不和，而不是因工作、学习等原因导致的两地分居，以及因住房问题造成的夫妻不能同室而居。
2、分床不是分居
　　对于分居的理解，一般指分床分食分开居住，同居一个住所各在各自房间睡，不过性生活，这种分床，一般不认为是分居。分居强调的是夫妻双方互不履行夫妻义务，而不是单方面的不履行义务
3、分居是否要登记，分居协议有用吗
　　在我国，并不存在登记分居的制度，因而分居不必登记。
　　夫妻双方同意分居并签订分居协议，可以作为分居的证据，有助于日后诉讼时法院查清分居的事实，因而是有益的。
4、如何证明分居事实
　　夫妻双方虽然存在着分居的事实，但当对方否认、而自己没有证据时，根据“谁主张谁举证”的原则，法院对分居事实将不会予以认定。因而，在单方面做出分居决定时，应注意做好分居的证据收集和保全工作，书信来往、录音录像、证人证言、另寻住所的租赁合同、新住址接收的信件等等，都可以成为证明分居的证据。